由于棚室内高温、高湿、弱光环境易诱发灰霉、菌核等病害，又因温棚倒茬困难导致枯萎、蔓枯、疫病等土传病害发生，还由于冬季温棚连续生产，适合番茄晚疫病、青椒病毒病、黄瓜疫病、黑星病等病菌顺利越冬。
一、影响病害发生的主要因素
1.空气湿度：棚室的高湿环境使蔬菜的抗病性降低，却适宜多种病原菌和细菌的萌发、侵染和繁殖。2.温度：适宜蔬菜生长的环境通常也可以引发各种病害。3.土壤：土壤是蔬菜的根系环境，也是多种病菌越冬的场所。棚室栽培的蔬菜由于种类比较单一，倒茬轮作困难，连作不可避免，蔬菜根系分泌的物质和病根的残留，使土壤微生物群逐渐失去平衡，病菌数量不断增加，诱使病害发生。4.寄主：番茄晚疫病菌只侵害番茄和马铃薯。随着棚室番茄栽培面积迅速增加，该病危害逐年加重，还为露地番茄提供了大量菌源，成为全年常发性主要病害之一。
二、棚室蔬菜病害发生趋势
1.温棚条件下原有病害危害更加猖獗：茄科蔬菜的病毒病、疫病、根腐病，瓜果类蔬菜的病毒病、白粉病较为严重，而根结线虫病的危害，几乎涉及目前种植的所有蔬菜。黄瓜霜霉病在棚室条件下发生也更加严重。
2.病害种类不断增加：由于温棚蔬菜在特殊的封闭系统中常年种植，重茬连作导致病害种类增加，还不断出现新的病害。此外，缺素症、微量元素过剩、高温或低温障碍、肥料过多或未腐熟烧根、低温潮湿沤根、土壤黏重引起的镰刀菌根腐病、水害引起的黑根病、氨害引起的子叶变白，燃煤产生二氧化硫使蔬菜中毒。一氧化碳使蔬菜叶缘变黄、种子受潮发霉，由交链孢或镰刀菌分泌的毒素影响种子发芽等。
3.次要病害上升为主要病害：如蔬菜灰莓病已危害到28种蔬菜。在温棚高湿寡照条件下，病害发生严重，有的损失可达50%以上。
三、综合防治措施
1.选择抗病品种：因地制宜、合理选择抗病品种，尽量选用兼抗品种，调整作物布局，避免单一品种长期连片种植；同时可以利用现代生物技术，如基因工程技术选育高抗转基因品种。
2.种子处理：温汤浸种是一种常用的处理方法。蔬菜种子一般用50-60℃温水浸种，连续搅拌，使种子受热均匀。处理时间因种类而异，如番茄55℃浸种30分钟，黄瓜55℃浸种15分钟；目前市场上许多蔬菜种子采用种子包衣处理，制成丸衣化种子或种子带，能达到防病，节约用种量，省时省力的目的。
3.田间管理：加强水肥管理，增施腐熟有机肥，改善土壤结构性能。注重肥料的合理搭配，不偏施、不重施氮肥，氮、磷、钾比例适当。及时补施叶肥、气肥，保证蔬菜营养全面均衡，促进蔬菜的健壮生长，提高自身抗逆能力；采用滴灌、膜下暗灌技术，忌大水漫灌、阴天浇水等，降低土壤和空气湿度，防止病害发生。