1、施用未经堆沤腐熟的有机肥有机肥的养分以有机状态存在，要经过堆沤腐熟分解才能被吸收利用。使用未堆沤的有机肥，如人粪尿、鸡粪、羊粪、猪粪等，不仅不能及时提供养分，还能因腐熟分解过程中产生有害物质并发热使果树受到伤害，以后经腐熟分解后的肥效发挥与果树的需肥时间又很难一致，常常造成肥效流失和浪费。同时，来年地下害虫也大量增加。
2、化肥施用过多，偏重施用氮肥长期单独施用化肥，容易造成土壤板结，通气不良，土质变坏。过多施用氮肥，影响果树对钙和钾的吸收，容易使树体营养失调，芽体不饱满，叶片大而薄，枝条不能及时停长，花芽形成困难，果实着色差，风味淡，不耐贮藏，痘斑病、水心病容易发生。同时树体抗性降低，易染腐烂病、白粉病和早期落叶病等。
3、施肥时期的盲目性和随意性苹果需肥时期与苹果的生长节奏密切相关。而一些果农施肥不是以苹果树的需要为前提，而是以资金、劳力、时间等主观因素确定施肥的次数和时间，因而到不到施肥的预期目的，有时还会适得其反，造成损害。