小麦赤霉病主要是对产量及品质造成危害，在大流行年可使小麦减产30%—60%，中等流行年可使小麦减产5%—15%，一般在扬花期侵染，灌浆期显症状，成熟后若成灾，严重的甚至造成绝收，危害性非常大
小麦赤霉病是由真菌毒素引起的，不但能给小麦造成产量损失，当人类食用染上赤霉病的小麦后会引起恶心、腹泻、眩晕、发烧等中毒症状，严重时还会引起大出血。相关专家指出，食用染病小麦的含量不能超过4%，一旦超过便不能食用，只能销毁。若喂食动物后会出现萎靡不振、食欲减退站立不稳、呕吐等中毒症状，严重时甚至死亡，且毒素还能传递到动物的肉、蛋、奶中，还会危害人类。
因此，预防小麦赤霉病尤为重要。适逢高温天气，阴雨天增多，要经常关注天气预报信息，若将有持续3天以上的小到中雨，必须在雨前3天以内进行喷药防治。用药时可选用5%的多菌灵1000倍液或70%的甲基托布津可湿性粉剂1500倍液进行喷雾，喷药时注意要对准小麦穗部和上部叶片均匀喷雾，喷药后遇到大雨，可在雨后进行补喷，达到防治效果。