小麦锈病是真菌性病害，包括条锈病、叶锈病、秆锈病3种。条锈病主要为害叶片，也为害叶鞘、茎秆和穗部。夏孢子堆在叶片上排列成与叶脉平等的虚线条状，鲜黄色，孢子堆小，椭圆形。孢子堆破裂后散发出粉状孢子。叶锈病主要为害叶片，叶鞘和茎秆上很难查到，夏孢子堆在叶片上散生，橘红色，孢子堆中等大小，近圆形，夏孢子堆一般不穿透叶片，个别穿透叶片的，叶片反面的夏孢子堆也较正面小。秆锈病主要为害茎杆和叶鞘，也有的为害叶片和穗部，孢子堆大，长椭圆形，不规则，深褐色。夏孢子堆穿透叶片的能力较强，正、反面都可出现，背面较正面的大。3种锈病病部的后期，均能生成黑色冬孢子堆。
对刚形成的条锈病、叶锈病的夏孢子堆用肉眼很难区分，通常的鉴定方法是在新鲜孢子堆上，滴一滴稀盐酸，盖上盖玻片，置于显微镜下观察。如原生质收缩成数个小团的为条锈夏孢子；如原生质在孢子中央收缩成一个大团，则为叶锈病的夏孢子。