玉米双色穗表现正常色与紫色相间、浅黄与深黄相间的一种疾病。
玉米籽粒果皮下的一层至几层细胞，叫作蛋白质层或糊粉层。玉米籽粒糊粉层的下面是胚乳层，因基因突变，叶绿素、胡萝卜素使胚乳在颜色上发生变化，出现黄色、浅黄色、白色。
若两个自交系胚乳的颜色均为黄色，则杂交后籽粒颜色为黄色;若两个自交系的胚乳的颜色均为浅黄色，则杂交后籽粒颜色为浅黄色;若两个自交系胚乳颜色一个为黄色，另一个为浅黄色(或白色)，则杂交后籽粒颜色为黄色。根据这一点，在利用两个胚乳颜色有差异的自交系制种时，由籽粒颜色的不同，可以判别自交率的高低，确定种子的质量。
该病发生受遗传基因控制，因此若想避免玉米双色穗的发生，在选育玉米新品种时加以注意。