藕的采收期较长，早熟品种从“大暑”到“立秋”就可收获，晚熟品种在“白露”至“霜降”边采收，但白露采收的藕为嫩藕，“霜降”边采收的藕，才充分老熟，淀粉含量高，便于贮藏与运输。藕含水量高，挖出后一般不耐贮藏，冷天可贮一月左右，早秋和晚春只能贮藏10~15天。用于贮藏的藕要求老熟、藕节完整、藕身带泥、无机械创伤，无病、虫、鼠害，藕节折断处用泥封没，贮藏时不可堆放太厚太紧。其上覆盖水草，经常浇水，保持冷凉湿润，避免受闷发热霉烂。
种莲一般原地贮藏，食用藕也可以原地贮藏，边挖边上市，可减少贮藏用工。
