茄子的根系比较发达，主要由主根和侧根组成。主根垂直向下伸长，直播时，入土深度可达1.3～1.7米。从主根上分生侧根，其上再形成第二、第三次侧根，由这些根组成以主根为中心的根系。茄子植株根系的伸展范围可达120厘米，主要分布在地表5～30厘米的耕作层内。在耕作层深厚、土壤疏松肥沃、保水透气性良好的土中，侧根和毛根的数目会大幅度增加。中晚熟品种，植株长势强，根系分布深广，早熟品种，根系发育一般比中晚熟品种稍差。植株横展性品种的根群横向生长，而直立性、生长旺盛的品种的根群则垂直向下深入。
茄子的根系木质化较早，再生能力弱，且茎基部不易发生不定根，根系被切断或损伤后，萌生新根的能力较差，不易产生不定根，故不宜多次移植。但苗期根的横向生长晚，根系木质化程度轻，恢复能力也强，只要采用育苗钵或营养土块等护根措施，通过分苗，就能育成优质壮苗。
茄子根系需氧量较高，茄子的根在排水不良的土壤中容易腐烂，因此大水漫灌后积水时间过长，管理上要小水勤浇，不宜大水漫灌，同时土壤过于板结更易造成植株萎蔫。在雨季要注意排除田间积水，防止植株因根部缺氧死亡。