甜瓜根腐病主要侵染根和根茎，染病部位初呈水渍状，以后呈黄褐色坏死腐烂，湿度大时根茎表面产生白霉，其病部腐烂处维管束变褐，但不向上发展而区别于枯萎病；甜瓜枯萎病发病初期，病株叶片自下而上逐渐萎蔫，早晚尚能恢复，数日后整株叶片下垂，不再恢复常态，茎蔓基部稍缢缩，表皮粗糙，常有纵裂。
