从近年来套袋苹果发生的问题来看，不论纸袋还是纸加膜袋，发生最普遍、最严重的问题就是果面上出现黑点，影响果实品质，应仔细辨别，对症防治。
发病情况
发病范围黑点病主要发生在套袋果上，套劣质袋的果子发病重，同时套袋加重了痘斑病等生理病害的发生。据调查，1998年降雨较多，套纸袋的果洼处发生黑点病的果实占23%，严重者可达46%。另据（1999）调查，未套袋红富士苹果的痘斑病发病率为2.6%，套纸袋的发病率则达10.4%，套袋果的发病率比未套袋的高了3倍。
病症辨识黑点病发病初期，果实萼洼周围出现针状小黑点，黑点直径逐渐扩大，有的如芝麻大，有的像绿豆大。病斑只发生在果实表皮，口尝无苦味，不会引起果肉溃烂，贮存期也不扩展蔓延，这是本期重点论述的黑点病。有些黑点分布在萼洼上部和果顶周围及恫部，黑点一发生就形成较大斑点，只危害皮层，口尝有苦味，也不会引起果肉溃烂，生长后期和贮存期黑斑扩大，并稍凹陷，此病为缺钙引起的痘斑病，严重时黑点病和苦痘病并发。
发病时间和条件黑点病主要发生在6月下旬至7月下旬。连阴天气、地势低洼、树势较旺、树冠郁闭、施氮肥多的果园发重病。据报道，1998年陕西省三原县7月上旬降雨168.4毫米，其集中5～9日的4天中共降雨155.1毫米，雨后出现持续闷热天气。7月上旬以后，各地陆续发病。因此，持续的高温干旱，继而是频繁降雨气候易导致套袋苹果黑点病的发生。
不同品种发病有差异不同苹果品种，发病程度和发病动态不同。发病严重程度由高到依次为：红星、北斗、嘎拉、红富士、小国光、乔纳金。红星最易感病，而且发病盛期比富士早一个月左右。乔纳金最抗此病，发病期比富士晚半月左右。
发病原因
病菌侵染据最新研究鉴定，套袋苹果黑点病病源是链格孢菌和粉红聚端孢霉菌。黑点病的致病菌和苹果霉心病、斑点落叶病的致病菌基本上一致。
套袋诱发黑点病套袋果处在湿度大、透气差、温度高、果面嫩的条件下，特别是易积水的萼洼、梗洼处，在袋内外湿度持续较大，又没有喷布有效的防治药物，易引起病菌侵染发病。因菌的寄生力弱，虽发生黑点病变，无论是纸袋还是纸加膜袋，下雨后袋内积水，不能较快排除，纸袋湿后长久不干，袋湿度过大，或袋的底角排水口未开时，都会加重黑点病发生。
套袋前用药的失误套袋前能否正确用药，是套袋成败的关键。套袋前必须选用防治苹果霉心病、斑点落叶病和轮纹烂果病致病菌有特效的药剂。如甲托、多抗霉素、防护网、乐谱道等。尤其是防护网等保护性杀菌剂要和甲基托布津、乐谱道等治疗性杀菌剂混合使用。波尔多液和其它一切含铜离子的杀菌剂对黑点病无效，套袋前都不宜使用。杀菌剂的药效一般为十天左右，套袋前喷药间隔时间不要超过药效期，否则防治效果不好。
防治措施
甲托、多抗霉素、防护网、乐谱道等特效药，在花后和套袋前连喷2～3次保护性杀菌剂要和治疗性杀菌剂混合使用，不要单喷一种保护性杀菌剂。保护性杀菌剂和治疗性杀菌剂要交替使用。
不要轻易摘袋黑点病烂不了果，也不影响果实生长和内在品质，在袋内也不会再感染其它病害，并可减少食心虫为害，所以千万不要把袋摘掉，半途而废。
改善树冠和果园通风透光条件，保证树冠下透光率在18%以上。
防止树盘积水，控制施用氮肥。
雨后检查套袋每次大雨后，及时检查套袋，可解开一部分袋检查果实情况。对纸袋两角排水孔不易开启的，可用剪刀适当剪一下；对袋内有积水的纸加膜袋，撑大下部排水口。纸加膜袋封口不严的，可用细漆包线再绑一下；对雨后烂掉的、老化的套袋，可及时更换优质纸加膜袋。
把好后期管理关富士苹果除袋后，仍是早期落叶病和轮纹病病菌侵染的高峰期，这期间一定要喷1～2次无公害又不污染果面的杀菌剂，最好用防护网或多抗霉素等。