防治水稻赤枯病必须采取综合性措施，以预防为主。并根据不同发生类型进行针对性防治。
1、精耕细作，提高土壤熟化程度：前茬收获后及时耕翻晒垡。土质差的要调换客土，种好绿肥增施厩肥、土杂肥，促使土壤形成圆粒结构，发挥土壤潜在肥力。
2、合理施肥，提高基肥质量：多施腐熟有机肥，增施磷钾肥、绿肥，秸秆还田的田块，最迟在插秧前10天翻灌，且每亩撒施生石灰50公斤，以加速绿肥及秸秆腐烂分解；也可先将绿肥或秸秆进行沤制后再还田。
3、加强田间管理，改进栽培措施：采用培育壮秧、抛秧、浅水勤灌等栽培措施，提高田间排灌系统标准，减少水、肥渗漏，适时搁田和追肥。
4、采取相应措施，提高稻株抗病能力：对缺钾土壤，应补施钾肥，适当追施速效氮肥；施用有机质过多的发酵田块，应立即排水，每亩施石膏2—3公斤后耘稻露田、晒田；低温阴雨期间，及时排掉温度较低的雨水，换灌温度较高的河水。对已发生赤枯病的田块，应立即搁田，在追施氮肥的同时，结合配施钾肥，随后耘田，促进稻根发育，提高吸肥能力。也可喷施1%浓度的氯化钾液或0.2%的磷酸二氢钾液。