黄瓜有时会发生苦味，是瓜内含有苦瓜素。以近果梗的肩部为多，先端较少。苦味多为品种遗传所致，因而苦味的有无和轻重因品种而异。
如果某品种原苦瓜素含量就多，而在定植前后因控水过狠而使细胞液浓度增大，那么苦瓜素相对含量高，因而发苦；如果以后水分控制得当，生育迅速，苦瓜素相对含量降低，苦味就会消失。另外，氮素过多、生育过旺、温度过高或过低、日照不足、肥料缺乏、营养不良以及植株衰老多病等造成植株生育不正常时，都会造成苦瓜素的形成和积累。减少苦瓜素的形成，在栽培上要取得植株营养生长和生殖生长、地上部生长和地下部生长的平衡。