一、蒜蛆
以幼虫为害播后的种子，取食胚乳或子叶，引起种芽畸形、腐烂而不能出苗。或从幼苗根部蛀入，向上蛀空幼茎，使幼苗死亡。较大的植株受到种蝇为害，虽不一定死亡，但明显矮化，而且易受其他病菌侵害而发病。在留种株上为害根部，引起根部腐烂或枯死而造成减产。田间发现蛆害植株时，可用50%的辛硫磷乳油600倍液灌根防治，雨前灌根效果更佳；也可于成虫羽化盛期，喷洒2.5%溴氰菊酯或20%氰戊菊酯3000倍液或75%辛硫磷1000倍液，均可杀灭成虫，喷药以中午前后成虫活动旺盛时效果最佳。
二、叶枯病
叶枯病是大蒜最严重的病害之一，一般年份损失10%以上，严重时可达60%左右。该病主要危害大蒜叶片和蒜薹，严重时病叶干枯，蒜薹不能抽出，或抽出时从病部折断。大蒜叶片染病分两种类型：一是尖枯型。主要发生在初侵染阶段，叶尖呈深褐色，并在其上形成许多深紫褐色斜状平行的斑纹。严重的病斑扩展到全叶的1/3-4/5或全叶干枯死亡。二是叶斑型。发病初期在叶片上出现短条状小型的浸蚀斑，略凹陷，后病斑迅速扩大，变为梭形至长椭圆形，组织坏死，凹陷，多为紫褐色，中央色较深，有的叶呈乳白色。大流行时经10-15天全田蒜苗枯死。防治叶枯病可在发病初期喷洒50%速克灵可湿性粉剂1000倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液或50%多霉灵可湿性粉剂1000倍液，隔7-10天喷1次，连续防治2-3次。
三、锈病
大蒜锈病每年均有发生，常年发病株率为10%以上，发生重的年份可达80%以上。该病主要危害大蒜叶片，其次危害假茎。病株蒜头明显变小，易开裂散瓣，商品价值降低。防治大蒜锈病，可选用15%粉锈宁可湿性粉剂1000倍液，或15%粉锈宁可湿性粉剂1500倍液加70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍液喷雾防治，一般视病情防治2-3次，每次间隔7天。