冬季气温较低，由于农村沼气池发酵原料的多样性，以自然温度发酵的农村沼气池冬季的管理显得格外重要。
温度是影响沼气发酵速度的关键因素，其影响的实质是酶的活动。对于地埋式沼气池来讲，沼气发酵温度受地温的影响，而地温又受气温的影响。因此我们应该通过人为的措施，提高地温，并尽可能地保持地温的恒定。要提高沼气池冬季的产气量，简单的说，就是要“吃饱肚子，盖好被子”。在冬季要做好以下几项举措：
1、提高发酵料液浓度，增加池温。在入冬前将6%的料液浓度提高到12—15%左右，原料选择富含氮元素的猪、牛粪便，创造甲烷菌群易生长繁殖的碳氮环境，增加甲烷菌群活力。
2、冬季，昼夜温差大，要特别注意晚上沼气池的保温。及早在圈舍上覆盖棚模，随着温度的降低，在太阳落山前用草帘等保温材料覆盖，将畜、禽舍与沼气池连成一体，以吸收太阳能和畜、禽舍的余温增加发酵温度。
3、保持勤进料、勤出料。补充新鲜原料，抽、提出发酵陈料，给微生物以充足的营养物质，提高产气量。
4、勤搅拌。每隔3—4天，可用抽渣器抽提20下左右或从水压间提出十几桶沼液倒入进料口，使发酵间的料液得到搅拌。