番茄侧枝多，易造成荫蔽和颓耗养分，整枝就是人为干预控制侧枝生长，使茎叶生长与果实发育保持平衡，整枝法为：
1.单杆式整枝每株只留一条主茎，其余侧枝全部摘除，使养分集中供给主茎，果实大，此法适于肥水充足、密植条件下采用。
2.一杆半整枝在单杆整枝基础上，保留主杆第一花序下面的一个侧枝，结1-2台果后摘心，此法能提高早期产量。
3.双杆整枝保留主茎，再留一条第一花序下叶腋抽生的侧枝，任其生长形成双杆，其余侧枝全部摘除，此法应适当放宽株行距，或者在肥力不足、亩株数不足及缺塘时可采用此法。
最后，在整枝打杈时要注意以下3点：
1.把握好打杈时间在1天中，最好选择晴天高温时段进行打杈。
2.做好消毒工作打杈前做好消毒工作，防止交叉感染,因人手特别是吸烟者的手往往带有烟草花叶病毒及其他有害菌，如消毒不彻底极易引起大面积感染。
3.适当留茬很多菜农在打杈时将杈从基部全部抹去。这种做法的缺点在于，一旦发生病菌侵染，病菌很快沿伤口传至主干，且创伤大，不利伤口愈合。