油菜籽安全保管的关键是：水分必须控制在8％以下。水分超过10％，在高温季节就会结块，水分在12％以上则能霉变成饼。
油菜籽收获时，有条件的地方可采取烘干的办法，也可用磷化铝熏蒸密封贮藏或自然缺氧贮藏处理高水分油菜籽。
自然缺氧贮藏法：油菜籽水分达20％，保管时间不应超过15天；水分25％时，不应超过10天；水分30％左时，以不超过7天较为安全。
磷化铝熏蒸密封贮藏法：利用一切能够起密封作用的材料和容器，如塑料薄膜、水缸、水泥池等。密封时，先将油菜籽装在容器内或堆放在场地上，用薄膜覆盖，周围用纸封糊或用烂泥压封，不漏气。采用磷化铝熏蒸则在投药后再行密封。