玉米丝黑穗病的传染途径是种子、土壤、粪肥带菌。玉米在苗期(有人说五叶期以前)，土中的病菌都能从幼芽和幼根入侵，所以，药剂防治必须选择内吸性强、残效期长的农药，效果才比较好。三唑类杀菌剂拌种防治玉米丝黑穗病效果较好，大面积防效可稳定在60%~70%。
