中药肥营养丰富多样、几十味中药材多次分组提取螯合而成，丰富的营养来自植物源、动物源和矿物源的多样性中药材，是化学肥料无法比拟的，它在补充和平衡植物营养的同时，激活植物的免疫系统、使其免疫力提高与抗逆性增强，大大减轻病虫害的发生，减少化学农药的用量，通过多区域多作物的大量试验示范证明,中药肥在促进农药残留的自然降、确保农产品优质绿色安全与健康消费，以及在生产上省时、省工、省力、节省成本、增加效益方面的作用十分明显。
中药肥的作用机理:
一是“药食同源”是指生命体生长发育所需要的营养元素（食物）同时也是预防和治疗疾病（病虫害）的药物；
二是“正气存内，邪不可侵”是指作物生长发育健康，正气存内（代谢旺盛、免疫力强），是不会被外邪（病虫害）侵害的；
三是“不治已病治未病”是指通过采取一些技术措施，对作物进行积极地保养、保健，以预防病虫害的发生，使其少生病虫害，甚或不会发生病虫害。
中药肥的使用效果：
1、提升产品品质。中药肥属于药肥合一，除了富含植物所需的大量元素、中量元素和多种螯合态微量元素，氨基酸、腐殖酸、黄腐酸等，还含有中药材中独有的香菇多糖、真菌多糖、（多糖是可以修复受损植物细胞的），植物氨基酸、天然微量元素、酮类、酚类、三萜类、有机酸、有机质、合成酶等营养物质，所有蔬菜和果实全靠营养元素自然膨大，不含任何激素和膨大素，生产出来的果实好吃好看、果型好，果面干净、大幅提高果实商品率和耐储存时间，提前采收，植物不早衰，果实采摘期长。
2、降低农药残留。中药材中富含多种皂苷类化合物，具有很强的表面活性和去污能力以及解毒功能，能清洁果实和叶片表面，清理植物体内垃圾（就像人的血管清道夫），疏通植物的维管束，保持植物体循环畅通，增强植物的光合速率，加速新陈代谢，减少毒素累积。预防植物因为吸收大量化学营养元素而没有足够多的酶类的分解转换而形成营养积累过剩。植物通过根系吸收营养时也会吸收有害物质，同时也会受到土壤里面残留的抗生素、毒素、重金属、病菌等有害物质的侵袭，如果植株或者树势不健壮，就相当于正气不足，很容易遭到病虫害的侵袭从而出现很多病态症状。
总的中药肥跟常规农药混用既可以增效又可以降低农药残留，常规的农药杀菌剂、杀虫剂等绝大多数都是酸性的（波尔多液、石硫合剂、部分无机铜制剂属于碱性），在和中药肥混用时，酸性和酸性复配具有相互增效的功能。但中药中的活性物质和碱性物质以及皂苷类化合物结构非常复杂但非常稳定，在和农药混用时，不易分解农药，影响农药功效。