采收后的鲜木耳含水分多，如不及时制干，易造成腐烂变质。制干的方法有两种：一种是天气晴朗、光照充足时，将采收的木耳薄薄摆摊在晒席里，烈日曝晒1―2天，以达到制干的程度。另一种是如采收时下雨，应及时烘干。可利用烤棚或自建简单烤室，将鲜木耳摆在折子上，分层放好，烧炭火加温，温度以不超过40℃为宜。若温度过高易烤焦烤熟，或自溶腐烂。烘烤时烤筛上下移动，使其受热一致，干燥均匀。烘烤时勿多翻动，切忌烟熏，以免影响品质。
制干的黑木耳，剔除碎片、杂物等，可按大、中、小及好、中、差分装或混装。采用无毒塑料袋装好，扎紧口，密封放置在木箱或木桶内，贮藏在干燥通风室内。