小麦散黑穗病主要在穗部发病，病穗比健穗较早抽出。最初病小穗外面包一层灰色薄膜，成熟后破裂，散出黑粉(病菌的厚垣孢子)，黑粉吹散后，只残留裸露的穗轴。病穗上的小穗全部被毁或部分被毁。散黑穗病是花器侵染病害，一年只侵染一次。带菌种子是病害传播的唯一途径。
防治方法(1)温汤浸种①变温浸种先将麦种用冷水预浸4—6小时，涝出后用52—55℃温水浸1—2分钟，使种子温度升到50℃，再捞出放入56℃温水中，使水温降至55℃浸5分钟，随即迅速捞出经冷水冷却后晾干播种。②恒温浸种把麦种置于50—55℃热水中，立刻搅拌，使水温迅速稳定至45℃，浸3小时后捞出，移入冷水中冷却，晾干后播种。
(2)石灰水浸种：用优质生石灰0.5kg，溶在50kg水中，滤去渣滓后静浸选好的麦种30kg，要求水面高出种子10—15cm，种子厚度不超过66cm，浸泡时间气温20℃浸3—5天，气温25℃浸2—3天，30℃浸1天即可，浸种以后不再用清水中洗，摊开晾干后即可播种。
(3)药剂拌种：用萎锈灵可湿性粉剂或三唑酮乳油拌种。也可用多菌灵可湿性粉剂拌种，拌后堆闷6小时，可兼治腥黑穗病。