蔬菜种子常会带菌，所以种子消毒是防治苗期猝倒病和其他一些病害的主要措施之一。猝倒病、番茄轮纹病（早疫病）、辣椒炭疽病、茄子褐纹病、瓜类炭疽病等都可由种子带病，目前“三茄二瓜”将陆续播种育苗，防止病害，培育壮苗，必须从种子消毒工作抓好。常用的种子消毒方法有以下二种：
一、热水烫种将种子投入5倍于种子重量的具有一定温度的热水中浸烫，并不断搅动，使种子受热均匀，待水温降至30℃时，停止搅动，转入常规浸种催芽。因各种种子的耐热能力不同，烫种时水温也要有差别，水温过高会烫死种子，过低则杀菌效果不佳。番茄、辣椒和十字花科蔬菜的种子用50—55℃的热水浸烫，并不断搅动。黄瓜和茄子种子用75—80℃的热水烫种10分钟效果较好。
二、药剂消毒就是用药剂浸种或拌种。
1、多菌灵用0.1％溶液的多菌灵浸泡瓜类种子10分钟，可防枯萎病，浸泡茄科类种子2小时，可防黄萎病。
2、高锰酸钾用1％的高锰酸钾药液浸种20分钟，可防治茄科和豆科病毒病。
3、磷酸三钠用10％的磷酸三钠溶液浸种20分钟，可防治茄科和豆科病毒病。
注意不管用哪种药剂消毒后，都要将种子冲洗干净（拌种除外），方可转入常规浸种催芽或直播。