针对生理性病害，可以通过改变植株生长的不良环境，在喷药时混加丰收一号800倍液可以增强植株抗性，增强植株对不良环境的抵抗能力。
对于传染性病害的防治，首先要消灭种子病原菌，可采用温烫浸种或药剂拌种来消菌杀毒，常见的方法是：1.温水浸种：将种子放在55℃温水中浸25分钟，然后用冷水冷却，晾干播种。2.药剂浸种：可用40%福尔马林100倍液浸种30分钟，浸种后用清水洗净，晾干播种;也可将种子放在2-3%的漂白粉溶液中浸30-60分钟，浸后用清水洗净;还可用甲基托布津800倍液浸种4小时。3.药剂拌种：用50%福美双可湿性粉剂，按种子重量的0.4%的药量拌种。
第二步是确认发病原因是什么。谈到发病原因，首先就要从黄瓜生长环境说起，棚室黄瓜病菌一般都是在种子、土壤或粪肥中越冬，成为下一年的侵染源。黄瓜大部分病害发生均需要在相对湿度85%以上，所以说黄瓜病害发生严重的一个主要原因就是湿度过大。
第三步就是针对性防治，防治病害首先要创造适宜黄瓜生长而不利于病菌生长的环境，也就是控制棚室温度、降低湿度。发病后用药剂防病时，霜霉病和疫病用药基本相同，常用药剂有代森锰锌、普力克和甲霜灵锰锌等药剂。灰霉病常用杀菌剂有菌核净、施佳乐和扑海因等，细菌性角斑的常用药剂有链霉素、DT等。
第四步是防治时需要注意以下事项：1.分清杀菌剂是保护性还是内吸性，保护剂要早打，喷药要周到细致，发病后打药效果不好。内吸性药剂可在发病后使用，发病初期用药效果最佳。2.预防为主，防治结合，喷药应立足“防”字。3.要混合用药，交替用药，以提高防治效果，防止产生抗药性。4.提高喷药质量，叶片背面要均匀细致的喷到，抓住主要矛盾，针对病害发生特点喷施重点部位。