根结线虫是阻碍日光温室发展最大的潜在威胁。
防治根结线虫最好的办法是石灰氮淹水覆膜高温处理土壤和淹水覆膜高温处理土壤。临近播种或定植时尚可考虑用下列方法进行补救：
1.撒施“福气多”每亩地用10%噻唑膦（商品名“福气多”）1.5～2千克,拌细土40～50千克,施肥整地后均匀撒施地面，深翻15～20厘米。也可以将药土直接撒入定植沟或定植穴内，与土混匀后立即定植。防效可达90%，持效期7.5个月。
2.阿维菌素防治
①在施肥整地基础上，每亩用1.8％齐螨素(阿维菌素)乳油400～500毫升，与25千克细沙拌匀，均匀撒布地面，浅翻8～12厘米，再耧平。播种或定植时，每亩地再用保得土壤接种剂80～100克，掺细土25千克，撒入定植穴或沟内。定植后用80％敌敌畏乳油800～1000倍液，每穴(株)浇用250毫升。
此法可维持短期栽培一茬不受线虫为害，越冬一大茬栽培时，须在次年2月份，再用1.8％齐螨素3000倍与80％敌敌畏乳油1000倍混合液灌根，每株用500毫升。
②“利根砂”或0.5%阿维菌素颗粒剂（商品名“驱虫”），每亩用3～4千克撒施定植沟或穴，对成虫、幼虫、卵具有强烈杀灭作用。