（一）农业措施
1.深耕深翻。小麦全蚀病的寄居菌以菌丝遗留在土壤表层，深翻土层，把细菌深埋地下，会有效杀死细菌。
2.减少菌源。对于零星发病区，坚持就地封锁，就地消灭。发病田要单收单打，所收小麦严禁留种，且麦秆、麦糠不能直接还田，最好高茬收割，然后把病茬连根拔掉焚烧，不能沤肥用，以尽量减少菌源。
3.合理轮作。对于严重发生小麦全蚀病的地块，可实行轮作换茬，推行麦菜、麦棉等轮作，以切断全蚀病菌源积累，控制病情的发展。
4.合理施肥。底肥增施有机肥、生物肥，提高土壤有机质的含量。化肥施用应注意氮、磷、钾的配比。
(二)药剂防治措施1、土壤处理。播种前可亩用70%甲基托布津可湿性粉剂2-3全面质量管理公斤拌细土20～30公斤，耕地时均匀撒施，如防治地下害虫，可与杀虫剂混用，要求随撒随耕。
2、浸拌种。可用12.5%全蚀净(美国孟山都公司生产)，亩用量20克，拌8～10公斤种子，闷种6～12小时，晾干后播种。
3、在小麦拔节期间，每亩用15%粉锈宁可湿性粉剂150-200克，或20%三唑酮乳油100-150毫升，兑水50-60千克喷浇麦田，防效可达60%左右，加入600-800倍粮食专用型天达2116可明显提高防治效果。
4、药剂灌根。小麦返青期，施用蚀敌或消蚀灵每亩100～150毫升、对水150千克灌根。
用以上预防方法连续使用2～3年便可从根本上达到基本消除小麦全蚀病。