芸豆病害主要有根腐病、炭疽病、叶斑病、菌核病、灰霉病、锈病等。芸豆最不耐药，用药量稍微过大就易发生药害。对芸豆比较安全的药有百菌清、多菌灵、甲基托布津、速克灵、扑海因、百乙霉威、溴菌晴、乙醚酚、代森锌、高效氯氰菊酯、异丙威等。对芸豆非常敏感的药有菌核净、施保功、咪酰胺、炭疽福美、杀毒矾、代森锰锌、辛硫磷、毒死蜱、敌敌畏等。用药上要十分谨慎。
①根腐病、茎基腐病。主要苗期发病，整个生育期都有发病，防治措施同1.5缓苗期管理的介绍。
②炭疽病。主要苗期发病，危害叶片、根茎、荚果。低温高湿适宜发病，一旦蔓延，危害相当严重。整个生育期都有发病，近几年呈加重发生趋势。防治措施同1.6幼苗期管理的介。
③叶斑病。主要是轮纹病，危害叶片，甩蔓期开始发生，不及时防治会导致叶片脱落。防治药剂可用百菌清600倍+甲基托布津600倍、或代森锌600倍+甲基托布津600倍，连喷2-3次，效果较好。
④菌核病、灰霉病。甩蔓期就有发生，开花结荚期更加严重。菌核病、灰霉病防治方法：A：开花坐果后及时摘除凋谢的残花，可有效控制菌核病、灰霉病的初侵染。因为凋败的残花是灰霉病菌的初侵染主要部位。总结为及时摘除残花。B：调控环境，菌核病、灰霉病菌喜欢低温高湿的环境，通过温湿调控，创造一个不利于灰霉病菌生长而有利于植物生长的环境是防治菌核病、灰霉病的关键。浇水后易引起病害的大发生，烂果严重，所以要先喷药，第二天再浇水。喷药的重点是花和果，并且浇水最好在晴天上午，浇完后立即闭棚提温，高温闷一小时后再放风。C：喷、熏结合综合防治，菌核病、灰霉病病菌孢子量大，喷雾难以全面杀死病菌孢子，在连续阴雨天气下，喷药不仅效果差，而且易加大棚内湿度，更不利于防病。用烟雾剂杀菌全面，也不会加大棚内湿度。阴雨天时用烟雾剂熏施，晴天时喷药防治。防治效果才会好。可选用速克灵、百乙霉威、甲基托布津、菌核净、嘧霉胺轮换喷药防治；烟雾剂可选用爱地森冷烟2号或3号。
⑤锈病。收获后期始见发生，可用乙醚酚、三唑酮、氟硅唑、苯醚甲环唑等防治。