一忌沼渣、沼液从沼气池中抽出后立刻施入农田中。因为沼肥还原性较强，如将刚出池的沼肥立即施入农田中，它会与作物争夺土壤中的氧气，影响种子发芽和根系发育，导致作物叶片发黄、凋萎。因此沼肥出池后，应先在储粪池中堆沤5—7天后再施用。
二忌沼肥不兑水直接施用。如不兑水直接施用，尤其是用于幼苗追肥，会使作物出现灼伤现象。沼液做追肥时，要先兑水，一般兑水量为沼液的一半。
三忌沼肥表土撒施。沼渣、沼液施用于农作物时，宜采用沟施、穴施，然后覆土，或随灌溉时顺水均匀施入农田中。
四忌与草木灰、石灰等碱性肥料混合施用。草木灰、石灰等碱性较强的肥料与沼渣、沼液混合会造成氮肥流失，肥效降低。
五忌过量施用。使用沼渣、沼液的量不能太大，一般要比施用普通猪粪肥量少些。若盲目大量施用沼肥，会导致农作物行长，造成减产。