危害辣椒产量的病虫害主要有青枯病、根腐病和害虫感染。
1青枯病青枯病是由于细菌感染辣椒苗而产生的病害，在染病初期植株病症表现不明显，定植后，辣椒苗逐渐从主根部开始枯萎坏死。对于其防护方法，在选取辣椒品种时，选择抗病能力强的品种，要保证种植时与非茄科作物轮作，并在定植后多施草木灰。其治疗手段为使用1∶300稀释的14%的络氨铜溶液对植株进行喷洒，或者使用1∶500稀释的72%农用硫酸链霉素溶液进行喷洒治疗。
2根腐病 根腐病容易在辣椒苗定植后到采果期间发生，感染了病症的植株白天会出现枝叶打焉、萎缩的现象，于傍晚至凌晨时期恢复，如此反复多日后使整株植株坏死枯萎。观察坏死植株的根部会发现明显的腐烂况。主要防护方法为使用1∶500浓度配置的50%甲基硫菌磷灵可湿性粉剂或1∶600浓度的50%多菌灵可湿性粉剂。对于已感染的植株使用1∶500浓度的绿亨二号进行灌根治疗。
3茶黄螨 茶黄螨是辣椒植株最易感染的虫害，该虫在辣椒苗上的幼嫩部分吸取辣椒汁液，使受害植株叶背显示为灰褐色和黄褐色，导致叶片畸形。该虫害的感染又被称为小叶病，在感染后会使辣椒产量大幅下降。可采用1∶2 000倍浓度的73%克螨特乳油在患病部进行喷杀。