冬季是柑橘种植管理的重要时期，这一时期主要是做清理和预防病虫害的工作。
清园。在冬季修剪的基础上，剪除病虫枝叶，疏除蚧壳虫、枝天牛、溃疡病和煤烟病的病叶、枯枝和残果；全面铲除杂草及附近寄主植物，彻底地衣、苔鲜和枯桩；挖除黄龙病病株，挖除或锯除天牛、树脂病等为害的死树或枝干；摘除树上越冬凤蝶、卷叶蛾等虫蛹，刷除枝干上的越冬蚧类。对清园的枝、叶、草要集中烧毁，并喷施护树大将军消毒杀菌，消灭越冬病虫及越冬场所。
培土。秋冬培土，有抗旱保水，提高土壤通透性，促进根系生长，恢复树势的作用。同时，还有提高抗病虫能力、除虫、灭草和防寒等功效。培土需在秋冬至春季萌芽前进行，以干的火烧土、塘泥、河泥、田泥、草皮泥等沃土为主，培在树盘周围，厚度2～4厘米。
全园深翻。通过全园深翻，可以杀灭土壤中越冬花蕾蛆、象甲或大实蝇等的部分幼虫和蛹，并加速病组织碎屑的腐烂。每年冬季清园后，进行一次深翻，在树冠外围深翻20～30厘米，切断少量老根，促发新根，疏松熟化土壤。深翻结合有机肥和植物电子肥利用植物本身光合作用迸发出的高能电子与植物电子极性感应原理，提高细胞分裂、分子合成和营养匹配消化水平，加速新陈代谢频率，植物营养疏导系统产生超越肥效。