水稻秧苗期病害分侵染性病害和生理性病害。侵染性病害包括立枯病、绵腐病、稻瘟病等；生理性病害包括由不良气候引起的烂种、烂芽、黑根、青枯、死苗等。在育秧期间寒流频繁，气温忽高忽低，温差过大，低温阴雨寡照，或冷后曝晴以及施用未腐熟的有机肥、灌水太深、寄栽前未练好苗等因素均可导致病害的发生与流行。据预测，4月中下旬和5月上旬固始县还有三次降温伴降水过程，这极利于秧苗病害的发生，必须要认真抓好防治。
防治方法：
一、农业防治
（一）加强育秧棚秧苗的管理。特别是要注意寄栽前练好苗、施好送嫁肥。
（二）科学管好秧田水。要根据气温的变化合理灌水，气温变高时要排水露田，有寒流气温变低时可适当灌寸水护田，气温较暖并稳定时，一般要浅水勤灌或适当排干，对发病田块每天要灌一次“跑马水”，水到田畦后立即排出。
（三）合理追肥。对未发病田块要结合灌水洒施人粪尿或适量尿素，以促使秧苗生长，提高抗病能力，对已发病田块待病情得到控制后才能追施肥料。
二、药剂防治
对已发病田块和正处于2-3叶期的秧田，每亩用5%甲丙恶霉灵60克，或20%必菌鲨60克，或25%使百克60ml加植物生长调节剂1-2袋兑水50公斤均匀喷雾防治。
要特别注意苗瘟的防治，对感病品种要在寄秧前2-3天喷药预防，方法是每亩用75%三环唑30克或25%使百克60ml兑水50公斤均匀喷雾；若一旦在田间发病，要立即喷药防治，控制其传播蔓延，方法是每亩用20%必菌鲨60克或25%使百克60ml兑水50公斤均匀喷雾。