在秋施基肥过程中，有些果农大量的施用农家肥，因为他们认为只要大量施用农家肥，就能提高土壤有机质，其实这种认识只是片面的，并非完全正确，农家肥是有机物，有机物转化成有机质它需要一个过程，需要土壤微生物和土壤里动物的参与才能完成。
土壤有机质的转化过程包括矿质化过程和腐殖化过程，矿质化过程是指土壤有机质在土壤微生物及其酶的作用下分解成二氧化碳和水，并释放出其中的矿质养分的过程；腐殖化过程是指各种有机化合物通过微生物合成或在原植物组织中的聚合转变为新的有机化合物的过程。
瘦地三年不肥，肥地三年不瘦，就是说这样的转化过程需要受到各种条件的制约，并需要相当长的时间。首先是土壤必须透气性良好，在氧气充足的环境下，微生物活动旺盛，分解作用进行得快而且彻底，产生二氧化碳和水，同时氮、磷、硫等以矿质盐类形成释放出来，在极度板结或浸水量过大的情况下，分解作用进行的缓慢，养分和能量释放的少，对植物生长不利。
因此，要加快有机物的向有机质的转化，必须给土壤提供大量的微生物，并给微生物提供充足的氧气。这就要求我们在秋施基肥中，每年都要施入大量的农家肥，而且还要施入微生物菌肥。