据介绍，南瓜花叶病由两种病毒导致发病，仅从病症上判断病原病毒是十分困难的。西洋品种和日本品种南瓜致病病毒有所不同。西洋南瓜由两种病毒致病，而日本南瓜发病，大多数为WMV（南瓜花叶病毒），感染。感染WMV的植株，其叶片沿叶脉呈深绿色，其它部位呈淡绿色，叶子和果实变形。而CMV（巨细胞病毒）使生长点附近的叶片出现黄色斑点，斑点连片呈花叶状或畸形。
该病毒一经感染发病，难以用药剂防治。因此，要注意防治媒介蚜虫，秸秆覆盖会引来蚜虫，应改用地膜覆盖。另外，可以在大棚内吊挂绿色和黄色带子捕杀蚜虫。
