大蒜施肥主要有基肥和追肥。由于大蒜根系浅，根毛少，吸肥力弱，要求基肥质量好。一般用腐熟的厩肥，每亩4-5吨，加饼肥50-100千克。结合整地在播种前施入。大蒜追肥应分次进行，秋播大蒜在幼苗3-4片叶，假茎高10厘米左右，可追一次腐熟的粪肥，每亩1000-1500千克。主要的追肥是在春后，蒜苗根系开始生长时，开沟施肥一次，每亩施氮3-5千克或有机肥1-1.5吨。
随着气温升高，大蒜花芽、鳞芽分化，植株进入旺长期，可追施一次氮、钾肥，每亩用量：氮5千克左右、钾5-6千克。大蒜抽薹后，可适当补施一次氮肥，以延长功能叶，促进干物质积累并向地下鳞茎运送，有利于蒜头膨大。对于春播大蒜追肥在幼苗形成后进行，每亩开沟施入饼肥50-100千克或氮素3-4千克。于退蒜母前5-7天（约播后35-40天）每亩随水施入氮4-5千克。当大蒜抽薹，鳞茎硼大初期，应再施一次氮、钾肥，每亩施氮4-5千克、钾5千克左右，对提高蒜薹和蒜头的产量都很明显。