病菌在土壤中的病残体上越冬或直接在土壤里进行腐生生活，一般可存活14个月左右，随灌水、农具和农事操作传播。病菌由根系或茎基部伤口侵入植物体内，在维管束内繁殖，并顺导管液流上升扩散，破坏或阻塞导管，引起番茄缺水，发生萎蔫。高温高湿易诱发青枯病发生。此外，幼苗不壮、多年连作、中耕伤根、低洼积水，或控水过重、干湿不均，均可加重病害发生。
