（1）病害防治。辣椒的主要病害有灰霉病、病毒病、青枯病、炭疽病等。
灰霉病主要为害幼果及茎叶，大棚栽培易发病，遇低温多雨天气为害严重，应加强通风透光，降低棚内湿度，及时摘除病叶、病果。发病初期可选用一熏灵2号烟熏剂，每个6米×30米标准大棚用1包（4个药块，共100克），每隔1周熏一次，共2―3次。也可用75%百菌清可温性粉剂800倍液或50%速克灵可湿性粉剂1500倍液喷雾。
防治病毒病应从农业防治入手，实行轮作，加强肥水管理，并要及时防治蚜虫，减少人为传染等。防治青枯病，可适施生石灰中和土壤酸性，及时拔除病株，并在栽植穴及周围撒生石灰等。炭疽病可用75%甲基托布津1000倍液或75%百菌清800倍液防治。
此外，土壤过湿或过干、磷肥不足等也会引起落花、落果、落叶等生理性病害，所应加强肥水管理。
（2）虫害防治。辣椒常见的害虫有蚜虫、红蜘蛛、茶黄螨、蓟马等。蚜虫可用10%一遍净3000倍液或50%避蚜雾2000倍液防治。红蜘蛛、茶黄螨为害严重时使叶片萎缩、果实品质下降，可用73%克螨特2000倍液或20%速螨酮3000倍液喷杀。螨光光对红蜘蛛、茶黄螨、蓟马3种害虫均有良好的防治效果。另外，应及时清除田间杂草和残枝败叶，以减少虫源。