适宜贮藏的胡萝卜一般10月下旬收获。贮藏前，对根头粗大的品种，可削去顶部的短茎盘；对顶部小的品种，可掰去顶部叶芽。也可在收获前2周，选择晴天中午，叶面喷洒浓度为1000〜2500毫升/升的抑芽丹，一般每亩用药50千克左右。贮藏时，如何防止萌芽和糠心，是胡萝卜贮藏保鲜的关键。适宜的贮藏温度为0〜1°C，相对湿度为90%〜95%。其简易贮藏方法有以下几种。
(1)露地堆藏胡萝卜采收后，拧去叶子，挑无病虫、无分杈、无开裂、个头整齐的胡萝卜就地堆成圆形堆。圆堆直径一般1〜1.3米，堆高1米左右，不要堆得过高，以免堆内产生大量的热量，导致胡萝卜腐烂。堆好后，在堆上覆盖10〜15厘米的土。天气变冷后再覆一次，土厚15〜20厘米，再加一层草以防冻。此法在南方应用较多。
(2)沟藏在地势较髙、地下水位低而土质黏重、保水力较强处挖沟，一般宽1〜1.5米，深1〜1.2米，东西向。胡萝卜收获后，气温在0〜5°C时入沟，将胡萝卜散堆在沟内，头朝下，根朝上，一层胡萝卜一层土。也可码3〜4层胡萝卜后再覆土，随天气变化分层覆土，覆土总厚度70〜100厘米。湿度偏低时，可浇一定量的清水，使土壤含水量达18%〜20%。但沟内不能积水，一般一次出沟上市。
(3)窖藏选背风向阳处，挖一个深1.5〜2.0米的土窖，长、宽根据贮量而定。窖挖好后晾晒2〜3天，待地面开始结冻时，选无病、虫伤害的直根下窖。在窖内将胡萝卜码成方形或圆形垛。码垛时，每层胡萝卜上面覆一层土。码垛后，再用木杆和秫秸覆盖窖棚，并留出（70〜100)厘米X(70〜100)厘米的窖口。入窖初期，窖内外的温度都比较高，应尽量打开窖口，以防胡萝卜热伤腐烂。贮藏中期，气温较低，应盖好窖口，保湿防冻。为了降低窖内温度，可选晴天中午打开窖口，适当通风换气。贮藏后期，气温开始回升，白天应紧关窖口，夜间敞开通风，保持窖内的低温条件。在适宜的条件下，可贮存到第二年4月份。
(4)通风库贮藏将胡萝卜散堆或装筐码垛，堆髙80〜100厘米。在堆内每隔1.5〜2.0米设一通风塔。贮藏期间一般不需倒动。立春前后，全面检査一次，剔除腐烂的胡萝卜。如果在库内用湿沙土与胡萝卜层积，则贮藏保鲜效果更佳。
(5)浸蘸泥浆贮藏用泥浆浸蘸胡萝卜，捞出放在木箱或筐中阴干。约2天后表面形成一个密闭的泥壳。将木箱或筐放在冷凉的室内或棚窖中贮藏，窖温保持在一1〜0°C，高于3°C时容易生芽。可贮藏至翌年4月份不萌芽、不糠心。
(6)冷库贮藏将胡萝卜放在0°C及相对湿度为98%〜100%的贮藏库中贮藏，适当通风，保持一定湿度，贮藏4〜5个月，甚至9个月。如贮藏前将胡萝卜放在0.01%磷酸钠溶液内浸一下，可防止腐烂。
(7)塑料薄膜密闭贮藏先在库内地面上将胡萝卜码成长2米、宽1米、高1米的垛，每垛重约1000千克，散热预贮一段时间。当库温和垛内温度降至0°C时，用塑料薄膜帐扣上，堆底不罩薄膜，四周用湿土压住。可贮藏到第二年5〜6月份。