由于番茄灰霉病具有“难防、难控、难以根治”的特点，应以提前预防和早期防治为主，准确把握防控关键时期，做到早预防、早发现、早防治。
1、优化棚面结构
一是使用防雾滴棚膜，减少棚膜积水；二是改良固定钢梁所用的铅丝或横杆位置，使铅丝或横杆与棚膜间隔一定距离固定，防止直接接触棚膜引流雾滴，确保膜上水滴自然流下至温室最前坡底，有条件的前坡基部建引流槽。
2、消灭病原菌
一是整地前清除上茬残枝败叶，减少菌源；
二是定植前高温闷棚和熏蒸消毒，利用夏秋休闲高温季节，密闭温室，温度提高到60℃以上持续7～10天，利用高温杀灭残留菌源；
三是减少机械损伤及虫害形成的伤口；
四是及时摘除含有病斑的花瓣、柱头、病果、病叶，蘸花后10～15天摘除幼果残留的花瓣和柱头，病果病叶要用塑料袋套住后，方可摘除，轻摘轻拿，集中销毁，减少扩散；
五是整枝在晴天中午进行，高温低湿有利于伤口快速愈合，整枝尽量在同一天内完成，在做完约2/3工作之后，剩余时间内一边整枝，一边及时喷药预防病菌侵染伤口。
3、降低湿度
一是采用膜下滴灌和全地膜覆盖技术，减少土壤水分的蒸发；二是浇水遵循“三浇、三不浇和三控”的原则，即晴天浇，阴、雨、雪天不浇；上午浇，下午不浇；浇暗水，不浇明水；苗期控制浇水，连阴天控制浇水，低温天控制浇水；三是适时通风排湿，尤其是浇完水后及时通风排湿。
4、延长光照上午早揭保温覆盖材料，可在太阳升起后0.5小时揭开；下午延迟覆盖保温材料，尽可能延长作物光照时间；夜间室温低于10℃时，温室内安装电钨灯进行加温。
5提高温度晴天白天室温控制在25～28℃，空气相对湿度低于60%；一般在室内温度达到28℃时，通风40分钟左右，然后闭棚，使棚温短时间内升至33℃，以高温抑制病菌发生发展，然后再放风排湿，在下午高温排湿后，夜间棚内空气湿度也相对较低，可减轻结露，有利于抑制病菌传播。
6、科学施肥
增施有机肥，合理调节氮、磷、钾肥比例，提高作物免疫功能。