应采取以选育和应用抗病品种为主，结合种子药剂处理以及加强栽培管理的综合防治措施。
(一)选用优良抗病品种
选用抗病品种是解决该病的根本性措施。一般双亲抗病，杂种一代也抗病，双亲感病，杂种一代也感病。所以在抗病育种工作中，应选择优良抗病自交系作亲本，以获得抗病的后代。抗病的杂交种有丹玉13、掖单14、豫玉28等。
(二)播前种子处理
用药剂处理种子是综合防治中不可忽视的重要环节。方法有拌种浸种和种衣剂处理三种。玉米丝黑穗病的传染途径是种子、土壤、粪肥带菌。玉米在苗期（有人说五叶期以前），土中的病菌都能从幼芽和幼根入侵，所以，药剂防治必须选择内吸性强、残效期长的农药，效果才比较好。三唑类杀菌剂拌种防治玉米丝黑穗病效果较好，大面积防效可稳定在60%～70%。目前在生产上推广使用以下几种药剂进行种子处理：
1.用有效成分占种子重量0.2%～0.3%的粉锈宁和羟锈宁拌种，是目前较为有效的方法；20%萎锈灵1kg，加水5kg，拌玉米种75kg，闷4h（小时）效果也很好。
2.速保利按40～80g有效成分与100kg种子拌种。
3.用0.3%的氧环宁缓释剂拌种，防效可达90%以上。
4.用50%多菌灵可湿性粉剂按种子重量0.3%—0.7%用量拌种，或甲基托布津50%可湿性粉剂按种子重量0.5%—0.7%用量拌种。
5.用50%矮壮素液剂加水200倍，浸种12h（小时），或再用多菌灵、甲基托布津拌种。
6.选用包衣种子也具有很好的防治效果。
(三)拨除病株
玉米丝黑穗病主要为害雌、雄穗，但苗期已表现病状，切随着叶龄的增加，特征愈明显，确诊率愈高。可结合间苗、定苗及中耕除草等予以拨除病苗、可疑苗，拨节至抽穗期病菌黑粉末散落前拨除病株，抽雄后继续拨除，彻底扫残。拨除的病株要深埋、烧毁，不要在田间随意丢放。
(四)加强耕作栽培措施
1.合理轮作
与高粱、谷子、大豆、甘薯等作物，实行3年以上轮作。
2.调整播期以及提高播种质量
播期适宜并且播种深浅一致，覆土厚薄适宜。
3.拔除病株
苗期和生长期症状明显时或生长后期病穗未开裂散出黑粉（冬孢子）之前，及时割除发病株并携出田外深埋。
4.施用净肥减少菌量
禁止用带病秸秆等喂牲畜和作积肥。肥料要充分腐熟后再施用，减少土壤病菌来源。另外，清洁田园，处理田间病株残体，同时秋季进行深翻土地，减少病菌来源，从而减轻病害发生。