黄瓜根腐病分为镰刀菌根腐病和拟茎点霉根腐病，主要侵染根部。镰刀菌根腐病的发病初期，植株主根或须根变黄，地上部无明显症状，以后病部明显扩展，地上部的叶片在中午时下垂，早、晚恢复。几天后，根部呈黄褐色湿腐，地下部呈青枯状萎蔫、死亡。拟茎点霉根腐病的症状基本同镰刀菌根腐病相似，只是有时可见灰白色带状菌丝体块，在根皮细胞可见密生的黑点，为病菌的分生孢子器，发病初期黄瓜的叶片失去活力，晴天中午叶片萎蔫，早晨、傍晚或阴天恢复正常，如此反复数日后下部叶片开始枯黄，逐渐向上扩展；造成整株枯死。
黄瓜根腐病的发病条件
镰刀菌根腐病的病原为瓜类腐皮镰孢菌。在土壤及病残体上越冬，其厚垣孢子可在土壤中存活5～6年。病菌从根部的伤口侵入。高温、高湿时，有利于发病；连作、低洼地与土质黏重，有利于发病。发病的适宜温度为25℃。拟茎点霉根腐病的病原为拟茎点霉菌，随病残体在土壤中越冬，15℃～30℃均可发病，20℃～25℃发病重。土壤黏重，通透性差，植株生长衰弱易发病。
黄瓜根腐病的防治方法
（1）选择抗病品种：在生产上有许多抗根腐病黄瓜的品种，如天津黄瓜所选育的津杂、津春、津优系列黄瓜；还有中农7号、中农8号、中农13号等中农系列，以及吉杂2号、吉杂4号、吉杂8号等吉杂系列旱黄瓜对黄瓜枯萎病都有一定的抗性。
（2）大力推广微生物肥。用微生物肥育苗，培育无病壮苗；用微生物肥做基肥，可采用条施、穴施或撒施的方法进行。能防治根腐病造成的黄瓜死棵，并对线虫病有抑制作用。
（3）黄瓜进行嫁接。嫁接时，应严格对嫁接刀和用具全面消毒；浇水时，一定不能让嫁接口接触流水，以免传播土传病害。
（4）与十字花科作物轮作3年以上，采用高畦栽培，浇水适量，缩短浇水时间，防止大水漫灌田间积水伤根，适时松土，增加土壤的通透性。
（5）药剂防治。发病前，利用药剂灌根防治，发现病株，及时拔除。可用77％的多宁与50％扑海因按1：1混合后的300倍液或用77％多宁50克、兰益微20克对水15升，用其水溶液喷灌根际部，能防治黄瓜多种病原菌引发的根腐病。