农用机井作为关键设施，对抗旱、增产及保障饮水具有重要作用。不当使用可能缩短机井寿命或损坏水泵。科学使用机井既可保护设备，又能减少损失，确保灌溉和饮水的及时性。以下是几点注意事项：
首先，启动时应适当关闭闸阀。全开启动可能导致电机功率激增，引发电路跳闸或电机损坏；而全关启动若扬水管路长，管中空气无法排除，易引起振动。因此，启动时闸阀应关而不严，待水流出后再缓慢打开，以提高水泵寿命。
其次，避免频繁启动和停止。潜水电泵频繁启停会导致启动电流过大，电机发热，热量无法及时散发，影响绕组绝缘性能，降低使用寿命，甚至可能烧坏绕组。建议停泵后再次启动应间隔3-5分钟。
再次，停机时注意关闭闸阀。尤其是高扬程水泵，停机前应先关闭出水管路上的闸阀，以防止扬水管路中水锤击坏逆止阀和扬水管。
最后，定期维护抽水。长时间停用的机井易引发井管锈结和水质变质。建议每隔两周进行一次不少于4小时的维护性抽水，保持井内清洁，减少滤水管的锈结和堵塞，延长机井寿命。对于矿化度较高且含铁量多的地下水，除定期抽水外，还可适量加入稀盐酸，减缓滤水管的锈结。