联合收割机脱粒不净的原因之一是农作物收割的时间不当。如果在农作物未完全成熟时收割，会导致农作物中的水分过多，难以脱粒干净；在农作物过熟时收割，则会导致颖果变硬，同样影响脱粒效果。
原因还可能在于设备使用不当。如轧杆磨损严重、间隙不当，风选机调整不到位等都会影响脱粒效果，同时作物进料不均匀也会造成问题。
此外，作物品种的不同特性也会影响脱粒。不同品种的作物在外形、大小、硬度等方面存在差异，因此必须选用适合的收割头。
针对这些问题，可以采取以下解决措施：首先确保在农作物完全成熟时收割；其次正确调整和维护设备；最后根据作物品种选择合适的收割头，以保证脱粒效果。