旋耕机耕作会翻转土壤，从而扰乱土壤的生态系统。土壤中存在着大量的微生物、土壤动物和其他有益生物，它们在土壤的养分循环和生物降解过程中起到非常重要的作用。然而，频繁的耕作会破坏土壤的结构，导致土壤微生物的生境破坏，可能会降低土壤肥力和农作物产量。
常年使用旋耕机耕地还可能导致土壤侵蚀问题。旋耕机能够有效地改善土壤的通透性，但它也会破坏土壤表面的覆盖层，使土壤暴露在风雨的侵蚀下。特别是在没有采取适当的保护措施的情况下，如植被覆盖和防护措施，土壤的侵蚀速度可能会加快，土壤质量下降。
此外，常年使用旋耕机耕作还可能导致土壤的物理性质发生变化。土壤的物理性质，如土壤密度和团聚体稳定性，对植物的生长和根系的发育起着至关重要的作用。过度的耕作可能会导致土壤密度增加，土壤团聚体的破坏，从而影响植物的根系生长和水分利用。