多功能拖拉机的高速运行可能会带来安全隐患。拖拉机在耕作或收割过程中需要以较高的速度行驶，这可能导致驾驶员在操作时出现疏忽或失误，增加事故发生的风险。同时，拖拉机在高速行驶时，制动距离较长，容易发生刹车不及时的情况，进而引发交通事故。
多功能拖拉机的使用也可能对土壤和环境造成一定的危害。拖拉机的重量较大，行驶时对土壤会施加较大的压力，导致土壤质地变得过于紧实，抑制了土壤中微生物的活动，降低了土壤的肥力。另外，拖拉机在耕作时会产生一定的振动和噪音，对周边的生态环境造成一定的干扰和影响，影响了野生动植物的栖息和繁衍。
此外，多功能拖拉机在使用过程中可能会对农民的健康产生一定的影响。拖拉机的发动机在运转时会产生一定的废气和噪音，长时间暴露在这些环境中容易导致耳聋、呼吸系统疾病等健康问题。同时，长时间驾驶拖拉机也容易导致驾驶员疲劳，增加其受伤的风险。