常年采用旋耕机耕作会导致土壤结构的破坏。旋耕机通过高速旋转刀片将土壤割开并翻转，虽然可以改善土壤通气性和透水性，但也会破坏土壤团聚体的稳定性。这可能会导致土壤颗粒的粉碎和土壤颗粒的分散，从而使土壤变得松散，容易被风蚀和水蚀。
长期使用旋耕机耕作还会导致土壤有机质的流失。旋耕机的作用是将土壤表层翻转至下方，这样会暴露土壤有机质于空气中。土壤有机质对于保持土壤结构和提供养分至关重要，但长时间暴露在空气中会导致土壤有机质的氧化和降解，从而减少土壤肥力。
此外，长期使用旋耕机耕作还会对土壤生物多样性产生负面影响。土壤中存在着丰富的微生物、动物和植物，它们构成了土壤生态系统的重要组成部分。旋耕机的操作会扰乱土壤的生态平衡，减少土壤中的生物群落多样性，导致某些有益微生物和生物种群的减少或消失。