1、小麦在播种前进行药剂拌种，药剂可以选用12.5%烯唑醇乳油。2、因地制宜选用抗病、耐病品种。与非禾本科作物轮作，避免或减少连作。3、选用无病种子，适期早播、浅播，避免在土壤过湿、过干条件下播种。4、增施有机肥、磷钾肥，返青时追施适量速效性氮肥。合理排灌，防止小麦长期过旱过涝，越冬期注意防冻。5、勤中耕，清除田间禾本科杂草。麦收后及时翻耕灭茬，促进病残体腐烂。秸秆还田后要翻耕，埋入地下。
（1）农业措施：病地实行轮作换茬是一项经济、有效的防病措施。重病地实行大轮作，停种小麦1年以上，改种油菜、蚕豆、棉花等；轻病地块实行小换茬，小麦收获后复种一季秋菜，如白菜、萝卜以及黄豆等非寄主作物。加强田间管理，深耕细耙，精细整地；增施有机肥、磷肥、调整氮、磷比例，提高地力。（2）化学防治a药剂拌种用6%立克秀悬浮种衣剂进行种子处理。b大田喷药15%粉绣宁可湿性粉剂，或12.5%稀唑醇可湿性粉剂等按照使用说明进行喷雾防治。
（1）农业防治。因地制宜选用抗病、耐病品种。与非禾本科作物轮作，避免或减少连作。选用无病种子，适期早播、浅播，避免在土壤过湿、过干条件下播种。增施有机肥、磷钾肥，返青时追施适量速效性氮肥。合理排灌，防止小麦长期过旱过涝，越冬期注意防冻。勤中耕，清除田间禾本科杂草。麦收后及时翻耕灭茬，促进病残体腐烂。秸秆还田后要翻耕，埋入地下。（2）种子处理。种子处理可减轻苗腐，保苗率高。可选用种子质量0.2%～0.3%的50%多菌灵拌种。（3）田间喷药。用25%丙环唑乳油1500倍液喷雾防治。黄淮冬麦区在孕穗至抽穗期喷药。大发生年份应在第一次喷药后7～10天再喷1次。
药剂拌种，选用抗病品种，加强田间水肥管理。
小麦根腐病属于常见的真菌性病害，会从苗期危害至中后期，影响生长。因此在播种应适时播种，并在发病前使用苯菌灵进行预防。发病后使用甲基硫菌灵、络氨铜水剂、丙森锌等药剂进行喷雾防治。