对水稻穗颈瘟要采取综合措施防治。一要选用适合当地栽培的抗病稻瘟病品种；二要合理施肥，增施有机肥、磷钾肥；三要注意合理灌溉，做到薄水插田，深水回青，浅水分蘖，够苗晒田，孕穗、抽穗至黄熟期湿润灌溉的排灌方式，避免深水漫灌；四要做好药剂防治。首先要在始穗前20天撒施8%噻菌灵颗粒剂每亩2公斤拌细砂撒施。其次，在破口期、齐穗期各用药一次。防治穗颈瘟药剂还有春日霉素、适乐时、灭稻瘟等。在施药时，要注意药剂的交替使用，并讲究施药质量，喷雾要均匀周到，防止漏喷。水稻穗颈瘟的预防要提早到抽穗时，如遇到高温高湿条件下就要打药防治。水稻齐穂后喷施防穂颈瘟的药物两次，间隔期为5～7天。水稻穂颈瘟的预防要提前到破口初期，若遇到高温高湿就要施药防治。水稻穗颈瘟预防应该在水稻破口抽穗期结合治虫增加稻瘟灵或三环唑喷施。选用抗病品种，及早防治一定控制好叶瘟，始穗期及时用药预防穗颈瘟。