芹菜菌核病的病原以菌核在土壤或混杂在种子中越冬，成为初侵染源。第2年当条件适合时病原产生子囊孢子，借风雨等传播。子囊孢子借风雨传播，侵染老叶或花瓣，田间再侵染多通过菌丝进行。菌丝可以通过病健组织的直接接触或间接接触，进行传播和蔓延。
病菌以菌核在土壤中或随病株残余组织遗留在田间及混杂在种子中越冬。在环境条件适宜时，土壤中的菌核萌发出土，产生初为淡黄褐色后呈褐色的盘状子囊盘，子囊盘散放出的子囊孢子借气流传播蔓延，侵染衰老叶片或留种田中未脱落的花瓣，穿过角质层直接侵入，引起初次侵染。
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