慢性型病斑是最常见的典型水稻苗瘟症状，最初表现为褐色或暗褐色小点，随后逐渐扩大成梭形病斑，两端常有向叶脉延伸的坏死线。病斑中央呈灰白色，边缘为褐色，背面有白色霉层。水稻苗瘟的初期症状包括芽和芽鞘上出现水渍状斑点，随后病苗基部变为黑褐色，上部呈现黄褐色或红褐色，并卷缩枯死。在潮湿条件下，病部可长出灰绿色霉层。
