大蒜菌核病的防治方法包括：
1.实施轮作制度，种植2-3年大蒜后轮作1年小麦。
2.选择健康无病的大蒜作为种子。
3.收获后及时清理病株残体，并深埋处理。
4.适时播种，合理密植，并施足底肥。
5.在秋种时使用药物制剂如77%多宁可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、70%甲基托布津可湿性粉剂等，按种子量的0.3%兑水喷洒种子，闷种5小时后晾干播种。
6.发病初期使用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、40%菌核净可湿性粉剂800倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂进行喷雾防治，重点喷施茎基部，每隔7-10天喷一次，连续防治2-3次。