选择抗病品种至关重要，只追求高产而不抗病的小麦种植在受病菌污染的地块，容易感染病害，导致产量大幅下降。秸秆还田质量差，多年累积导致土壤病菌增加，遇到抗病能力差的小麦品种时，危害更为严重。小麦茎基部病害早期症状不明显，容易被忽略或防治过晚，导致损失。小麦多年连作，土壤有机质减少，加上不利天气影响，进一步加剧病害。栽种时培土过高、开沟施肥或除草造成根系损伤，雨水或灌溉水量过大、排水不及时，光照不足、低温高湿、土壤粘性大、结块、通风不良等因素也会增加病害风险。根系受伤断裂时，病菌最易侵入，雨水季节根腐病多发。