番茄软腐病的病原菌随病残体在土壤中越冬，可借雨水、灌溉水传播，从伤口侵入。病原侵入后分泌果胶酶溶解中胶层，导致细胞分崩离析，致细胞内水分外溢，引起腐烂。该病菌发育适温为25℃～30℃，最高为40℃，最低为2℃，50℃经10分钟致死。除侵染番茄外，还可侵染十字花科、茄科蔬菜、芹菜及莴苣等。
番茄如整枝过晚枝条过粗、或湿度大伤口难于愈合、或阴雨天或露水未落干时整枝打杈、或虫伤多，发病较重。病菌寄主范围很广，除为害茄科蔬菜外，也为害十字花科蔬菜等。病菌主要随病残体在土中越冬，菜株生长期间，藉昆虫、雨水、灌溉水等传播，从伤口侵入。为害茎秆的，多从整枝伤口侵入；为害果实的，主要从害虫(如烟青虫幼虫)的蛀孔侵入。病菌侵入后，分泌果胶酶，使寄主细胞间的中胶层溶解，细胞分离，引起软腐。
一般温度在24~30℃或更高，同时湿度较高时容易发病，在空气流通不良时，此病发生也重。