大豆顶枯病的症状变化较大，苗期无明显症状，仅在叶片上出现少数锈状小点。典型症状在生长中期出现，开花后病株茎顶部向下弯曲成钩状，顶端嫩叶、芽和茎干枯变褐色，易脱落，髓部变褐，坏死部分向下扩展，叶柄产生褐色坏死条纹，豆荚上出现不规则褐色坏死斑，叶片无明显症状。染病早的植株显著矮化，结荚少或不结荚，部分不分枝。该病属病毒病，发病后豆株从顶部开始沿茎向下变褐枯死，叶脉坏死或形成大坏死斑块。染病早的植株不结实，发病晚的结实率低，田间枯死顶部易被叶片掩盖。部分植株呈轻花叶、轻微皱缩或沿主脉抽缩。病种子也产生斑驳。该病症状与大豆花叶病较难区分，必要时需检测病原，测定病株细胞内有无风轮状内含体，大豆顶枯病无，而大豆花叶病有。